Hoe is het gesteld met de flora?
Zoals gezegd is de zure bodem samen met het lichtgebrek de oorzaak van een schrale vegetatie. Maar onder eiken of gemengde loofboomsoorten is de vegetatie gevarieerder. Zo treft men lentebloeiers aan zoals de bosanemoon, het speenkruid en het blauwe boshyacint. Naar gelang de natuur van de bodem ontluiken ook daslook, bosviooltje, gele dovenetel, sleutelbloem, salomonszegel, enz.
© G. Matagne Het daslook © Fac. Agronomique Gembloux Het speenkruid
De adelaarsvaren komt algemeen voor onder eiken en vooral tussen gekapte bomen. Plantenkenners zullen in het Zoniënwoud ook zeldzame planten terugvinden: van lievevrouwebedstro en eenbes tot rapunzel en wilde orchideeën. Ook de mossenvegetatie is heel gevarieerd en het bekijken waard. Paddestoelen, mossen en korstmossen (bio-indicatoren) zijn strikt beschermd in het Zoniënwoud en mogen in geen geval worden geplukt.
Woekerende soorten of invasieve exoten
zijn een bedreiging voor de inheemse flora en voor de biodiversiteit: de reuzenbereklauw, de reuzenbalsemien, de Japanse duizendknoop, de Amerikaanse vogelkers. Het beheerplan wil een halt toeroepen aan de verdere verspreiding van deze ingevoerde exotische soorten.